Pojezierze suwalskie kojarzone jest przede wszystkim z najgłębszym jeziorem Niżu Europejskiego - jeziorem Hańcza oraz z największym akwenem regionu, z jeziorem Wigry. Jednak na terenie powiatu suwalskiego jest aż 113 jezior, które tworzą niezwykle urozmaicone i atrakcyjne pod względem krajobrazowo - przyrodniczym kompleksy.

JEZIORA BAKAŁARZEWSKIEstanowią grupę siedmiu jezior, w środkowej części doliny rzeki Rospudy, w obrębie gminy Bakałarzewo. Kompleks ten tworzą jeziora: Bolesty, Głębokie, Okrągłe, Sumowo, które są jeziorami przepływowymi, usytuowanymi w ciągu Rospudy, oraz jeziora Siekierowo (bezodpływowe, rynnowe) Karasiewek, i Skazdubek (oba wytopiskowe).

JEZIORA FILIPOWSKIEsą jeziorami przepływowymi górnej części Rospudy, znajdujące się w administracyjnych granicach gminy Filipów. Grupa jezior filipowskich wraz z rzeką Rospudą stanowią jeden z atrakcyjniejszych szlaków kajakowych Suwalszczyzny. Grupę tę stanowią należące do zlewni dorzecza Wisły jeziora: Czarne (Polskie), Rospuda (Filipowska), Wysokie, Kamienne, Długie, Garbaś oraz jezioro Merkuńskie Wielkie i Merkuńskie Małe.

JEZIORA KLESZCZOWIECKIEznajdują się w północno-wschodniej części Suwalskiego Parku Krajobrazowego. Otoczone są lasami, kotlinami i wyniesieniami kemowymi. Zaliczają się do tej grupy trzy skupiska jezior: niecka kleszczowiecka, w której znajdują się jeziora Kojle, Perty i Purwin; niecka smolnicka z jeziorami Jaczno i Kamenduł oraz grupa jezior przepływowych, leżących na ciągu rzeki Szeszupy: Udziejek, Gubin, Okrągłe, Okrągłek, Przechodnie, Postawelek.

JEZIORA PRZEROŚLAŃSKIEnależą do zlewni Pregoły. Grupę jezior rynny przeroślańskiej tworzą: Białe (Filipowskie), Przystajne, Czostków, Ślepok, Krzywe (Krzywólka), Boczne, Kościelne, Przerośl (Łojewskie). Warto odwiedzić jezioro Białe, którego wody są wyjątkowo czyste, w kolorze od seledynowego po ciemnozielony.

JEZIORA SZURPILSKIEznajdują się w południowo - wschodniej części Suwalskiego Parku Krajobrazowego. Jeziora Jeglówek, Jeglóweczek, Tchliczysko i Szurpiły roztaczają się bardzo malowniczo wokół Góry Zamkowej - dawnej warowni Jaćwingów. Kompleks bogaty w liczne, urokliwe zakątki, otoczony lasem mieszanym.
Szczególnie piękne są Jeglówek i Szurpiły. Jeziora szurpilskie cieszą się sympatią wędkarzy.

JEZIORO HAŃCZAjest najgłębszym jeziorem w Polsce (108,5 m) i jednym z większych na Suwalszczyźnie. Jest typowym jeziorem rynnowym, oligotroficznym, o fizjonomii jeziora wysokogórskiego. Jego powierzchnia wynosi 304,4 ha, długość 4530 m, szerokość od 870 do 1150 m, średnia głębokość wynosi 38,7 m. Do północnego krańca jeziora wpływa Czarna Hańcza, wypływa zaś z krańca południowego. Ze względu na wysoką wartość przyrodniczą jeziora w całości podlega ono ochronie rezerwatowej w Suwalskim Parku Krajobrazowym.

JEZIORA RZEKI SZELMENTKIto malownicza grupa jezior leżących na wschód od Suwalskiego Parku Krajobrazowego tworzona przez Szelment Wielki, Szelment Mały, Leszczewo, Judel, Iłgieł i Kupowo. Szelment Wielki jest po Wigrach największym akwenem Suwalszczyzny. Wody tych jezior są czyste, ciemnobłękitne, świetnie nadające się do uprawiania sportów wodnych, równie atrakcyjne są dla wędkarzy.

JEZIORO WIGRY I JEZIORA WIGIERSKIEJezioro Wigry to klejnot Suwalszczyzny chroniony przez Wigierski Park Narodowy. Jest to jedno z największych (10. pod względem powierzchni w Polsce - 2117 ha) i najpiękniejszych jezior Polski. Jezioro stanowi nieckę rynnowo - morenową o bardzo urozmaiconym dnie i krętej linii brzegowej z licznymi zatokami i przybrzeżnymi płyciznami. Na jeziorze znajduje się dziewiętnaście malowniczych wysp. Jezioro wije się pomiędzy wysokimi morenami, zaś linia brzegowa w 80 procentach porośnięta jest borem Puszczy Augustowskiej. Za symbol Wigier powszechnie uznawany jest zespół poklasztorny Kamedułów górujący nad północnym plosem jeziora.

W dalszej i bliższej okolicy Wigier znajduje się blisko sześćdziesiąt akwenów jeziornych o różnej wielkości, które w przeszłości tworzyły jeden basen - Prawigry. Do zespołu Prawigier zalicza się jeziora wigierskie, pierciańskie i huciańskie.

Ziemia suwalska ma wyjątkowo dużo jezior rynnowych - długich, wąskich, o wysokich brzegach i urozmaiconej linii brzegowej np. Hańcza, przepływowymi ciekami rzek, tworząc wraz z nimi wielokilometrowe rynny - malownicze krajobrazowo Rospuda, Bolesny, Kamienne. Najczęściej jeziora tego typu połączone są i atrakcyjne dla turystyki kajakowej.
Zdecydowanie od jezior rynnowych różnią się jeziora morenowe. Są one szeroko rozlane, o kształtach owalnych, brzegach spłaszczonych i zwykle mniejszych głębokościach; linie brzegowe bogate są w zatoki i półwyspy. Przykładowymi jeziorami morenowymi są Wigry, Szurpiły, Perty.
Ponadto pojezierze suwalskie bogate jest w małe jeziorka o kolistym kształcie zwane oczkami - płytkie, zarastające i kociołkami - głębokie. Powstały one z brył martwego lodu są, więc typowymi jeziorami wytopiskowymi.
Ze względu na nasycenie zbiorników wodnych trofią, czyli "żyznością" roślinną daje się wyróżnić cztery typy jezior, z których każdy występuje na pojezierzu suwalskim:

• oligotroficzne (o czystej, przejrzystej wodzie, wysokim natlenieniu i skąpej trofii);
  jeziora Hańcza, Rospuda, Garbaś, Ożewo, Okmin, Białe (Filipowskie), fragmenty Wigier
• eutroficzne (o bogatej trofii, słabej przezroczystości i małym natlenieniu);
  jeziora Jemieliste, Mieruńskie, Pobodzie i in.
• mezotroficzne (pośredni typ pomiędzy oligotroficznym a eutroficznym);
  jeziora Szelment Wielki, Boczne (Przeroślanskie), Kamienne
• dystroficzne (małe, słabo natlenione, o kwaśnej wodzie, mało żyzne) nazywane "sucharami"; suchary w okolicach Wiatrołuży i Wigier.

Wędkarze dokonali praktycznego podziału typów jezior w zależności od występujących w nich gatunków ryb. Sielawowe są jeziora głębokie, o niskiej trofii; leszczowe są akweny mezotroficzne, o średniej głębokości ok.20 m, sandacze lubią jeziora średnioeutroficzne o głębokości 10-15 m, linowo - szczupakowe są jeziora eutroficzne o średniej głębokości 6-10 m, karasie lubują się w akwenach płytkich, silnie eutroficznych.